Самолет-амфибия Бе-103 представляет собой моноплан с низко расположенным, водоизмещающим трапециевидным крылом.

Самолет предназначен для использования на линиях малой протяженности в различных районах мира, особенно в прибрежных и островных государствах и в регионах с большим количеством рек, озер, мелких водоемов, труднодоступных для других видов транспорта. Бе-103 может применяться для перевозки пассажиров, транспортировки малогабаритных грузов и почты, противопожарного надзора, патрулирования, экологического контроля акваторий, оказания срочной медицинской помощи, обеспечения аварийно-спасательных работ, как связной и административный, для аэрофотосъемки, сельскохозяйственных работ, отдыха и туризма.

Экипаж - один пилот. В пассажирской кабине могут размещаться пять пассажиров, в санитарном варианте - один тяжелопострадавший на носилках и двое сидячих больных с одним сопровождающим.

Конструкция лодки клепаная, выполнена из алюминиевых сплавов с применением специальных мер антикоррозийной защиты и из композиционных материалов на основе стеклонаполнителей.

Лодка разделена водонепроницаемыми переборками на пять отсеков: носовой, передний технический отсек, кабина и багажный отсек, задний технический отсек и хвостовой отсек.

В носовом отсеке размещена передняя опора шасси и механизм её уборки и выпуска. На верхней поверхности отсека установлена рамочная антенна радиокомпаса. В передней части отсека возможна установка РЛС.

В переднем техническом отсеке находятся аккумулятор и распределительное устройство электроснабжения, блоки радиосвязного и радионавигационного оборудования. Для доступа к оборудованию в бортах лодки имеются эксплуатационные люки.

В кабине самолета расположены рабочее место пилота и кресла для пассажиров. Установлено 6 кресел в два ряда с центральным проходом. Доступ в нее осуществляется через входной люк размером 1300х900 мм находящийся в передней части слева. Симметрично ему на правом борту находится аварийный люк. Для входа и выхода из кабины в левом носке центроплана предусмотрен встроенный трап.

Крыло самолета Бе-103 цельнометаллической конструкции, имеет трапециевидную форму с корневыми наплывами, состоит из центроплана и двух отъемных консолей. Для обеспечения непотопляемости крыло самолета разделено водонепроницаемыми переборками на отсеки. Вдоль передней кромки консолей крыла установлены неподвижные предкрылки. В носовой части левой и правой отъемных частей крыла установлены посадочно-рулежные фары. В законцовках крыла размещены аэронавигационные огни. На нижней поверхности отъемных частей крыла имеются узлы для швартовки самолета на земле.

Хвостовое оперение. Вертикальное оперение - однокилевое, свободнонесущее. Горизонтальное - цельноповоротное. В средней части киля установлен управляемый стабилизатор. В верхней части киля находятся антенна связной радиостанции, якорный и хвостовые огни.

Шасси трехстоечное, с передней стойкой, убирающееся в полете. Управление уборкой и выпуском шасси - гидравлическое.

Силовая установка - самолета состоит из двух поршневых шестицилиндровых двигателей воздушного охлаждения TCM IO-360ES4 производства фирмы "Teledyne Continental Motors Aircraft Product" (США), с тянущими трехлопастными реверсивными воздушными винтами изменяемого шага MTV-12-D-C-F-R(M)/CFR183-17C фирмы "MT-Propeller GmbH" (Германия). Диаметр винта 1,83 м. Двигатели установлены в обтекаемых гондолах на пилонах по обеим сторонам лодки над задней частью центроплана. Для обнаружения пожара в мотогондолах установлена система обнаружения пожара СПС-3.