Бе-6 - многоцелевая летающая. Выполняемые задачи: дальняя морская разведка, патрулирование побережий, бомбометание, несение и сброс торпед, сброс десанта (до 40 человек), установка минных заграждений, перевозка грузов. На самолёте было установлено специальное оборудование для выполнения полётов в ночное время и в сложных метеоусловиях. Выпускалась серийно.

Конструкция цельнометаллическая, за исключением полотняной обшивки рулей и элеронов. Для повышения живучести корпус разделен на восемь водонепроницаемых отсеков.

Крыло типа «чайка». В передней кромке установлены воздушно-тепловые противообледенители. Закрылки типа ЦАГИ, по три на крыло. Элероны — щелевые, дифференциальные, со 100%-й весовой балансировкой. Вертикальное оперение двухкилевое.

Силовая установка — два двигателя АШ-74, установленных в перегибах крыла. Винты В-3БА-5 — тянущие, четырёхлопастные, автоматические, флюгерные, гидромеханические. Диаметр — 5,056 м. Топливные баки мягкие, установлены в крыле.

Маневрирование на воде осуществляется с помощью водяного руля, установленного на заднем редане.

Поплавки подкрыльные на свободнонесущих стойках. Каждый поплавок разделён на четыре водонепроницаемых отсека для повышения живучести при повреждениях, так как при такой конструкции самолёта потеря поплавка означает потерю самолёта из-за невозможности преодоления крена после ухода крыла под воду и его последующего разрушения.

Управление самолётом — тросами и тягами, дублированное для рулей высоты. Установлен электрический автопилот АП-5.

Устройства против обледенения — воздушно-тепловые противообледенители передних кромок крыла, электрообогрев передних стёкол кабины, воздушно-тепловые противообледенители работают от четырех бензиновых обогревателей. Установлены спиртовые омыватели передних стёкол кабины штурмана и лопастей винтов. На стекла установлены механические стеклоочистители и омыватель пресной водой.

Дополнительное оборудование:

Морское оборудование — два плавучих и один донный якорь с лебёдкой, «кошк», багры, концы, мегафон;

Аварийное снаряжение — две спасательные лодки, контейнеры с запасом продовольствия и воды, аварийная радиостанция;

Фотооборудование для аэрофотосъёмки через днище или через борт;

Для полётов на высотах свыше 4000 м установлено кислородное оборудование.